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WB實(shí)驗之內(nèi)參(cān)蛋白(bái)的選(xuǎn)擇

更新(xīn)時間:2024-09-29點(diǎn)擊次數(shù):3368

在進(jìn)行(háng)WBWestern Blot)實(shí)驗(yàn)時(shí),選(xuǎn)擇合適的(dí)內(nèi)參確實(shí)至(zhì)關重要。內參的主(zhǔ)要(yào)作用是(shì)像一把尺子(zǐ)",用(yòng)來(lái)衡量(liáng)和校正每(měi)個樣本(běn)的上(shàng)樣量,以及在上樣過程中(zhōng)可(kě)能產生的實(shí)驗(yàn)誤差。這樣,我(wǒ)們(mén)就(jiù)可(kě)以(yǐ)更加(jiā)確(què)信實(shí)驗(yàn)結果的準確性,因為它們(mén)已(yǐ)經(jīng)經(jīng)過了(liǎo)內參(cān)的(dí)校(xiào)正(zhèng)。

一(yī),選擇內(nèi)參需要遵(zūn)循的原則(zé)?

1. 樣本(běn)種屬來(lái)源

匹(pǐ)配(pèi)性(xìng)原則:內(nèi)參(cān)蛋白的(dí)選擇應(yīng)基於(yú)實驗樣(yàng)本的(dí)物種(zhǒng)來源(yuán)。對於哺乳(rǔ)動物(wù)細(xì)胞和組織(zhī)樣(yàng)本(běn),常用(yòng)的內(nèi)參包(bāo)括β-actinβ-tubulinGAPDHLamin B等(děng)。這些蛋白在(zài)哺乳動物細(xì)胞中表達穩定(dìng),適(shì)合作為內(nèi)參。

跨(kuà)物(wù)種反(fǎn)應性:當(dāng)研(yán)究涉(shè)及(jí)多個物種時,應選(xuǎn)擇具有廣(guǎng)泛物(wù)種(zhǒng)反應性(xìng)的內參,或根(gēn)據具體物種選擇(zé)特(tè)異性(xìng)內參(cān)。

2. 目的蛋白(bái)分子(zǐ)量

分(fēn)子量(liáng)差(chà)異(yì):為了避免(miǎn)信號(hào)幹(gān)擾和(hé)圖像解析的復雜性,內參(cān)蛋(dàn)白(bái)的分子(zǐ)量應與(yǔ)目(mù)的(dí)蛋(dàn)白保持(chí)顯(xiǎn)著差異(yì)。一般建(jiàn)議內(nèi)參(cān)蛋白(bái)與目的(dí)蛋(dàn)白(bái)的(dí)分(fēn)子量(liáng)相差5kDa以上(shàng)。

3. 目(mù)的蛋白(bái)表達(dá)部位

亞細胞(bāo)定位:根(gēn)據目(mù)的蛋白在(zài)細(xì)胞(bāo)內的定位(wèi)選擇(zé)相應的(dí)亞細(xì)胞器(qì)內(nèi)參。例(lì)如,核蛋白檢測可選擇(zé)Lamin ALamin BHistone H3等核內參;膜蛋(dàn)白檢(jiǎn)測可選(xuǎn)擇(zé)ATP1A1等(děng)膜內參;綫(xiàn)粒(lì)體(tǐ)蛋(dàn)白檢測可(kě)選擇VDAC1COX IV等綫(xiàn)粒體內參(cān)。

表達一致(zhì)性:確保內(nèi)參蛋(dàn)白與(yǔ)目(mù)的蛋白(bái)在細胞內的表達部位一致,以提(tí)高實(shí)驗結果的內(nèi)部一致性。

4. 實(shí)驗條件影(yǐng)響(xiǎng)

穩(wěn)定性評(píng)估:在選(xuǎn)擇(zé)內(nèi)參時,需要充分了解實驗條(tiáo)件(jiàn)對(duì)內(nèi)參蛋白(bái)表達的(dí)影響。某(mǒu)些實(shí)驗條件(如缺(quē)氧,糖(táng)尿病(bìng),藥(yào)物處(chǔ)理等)可(kě)能會導致特(tè)定內參(cān)蛋白的表(biǎo)達(dá)水平發(fā)生(shēng)變化。

適(shì)應性(xìng)選擇:選擇(zé)那些(xiē)在(zài)實(shí)驗條(tiáo)件(jiàn)下(xià)表(biǎo)達(dá)穩(wěn)定(dìng),受影響(xiǎng)較(jiào)小的內(nèi)參蛋白(bái)。例(lì)如(rú),在缺(quē)氧條(tiáo)件下(xià),GAPDH的表達(dá)可能會增高,因此(cǐ)不適(shì)合作為(wéi)內參;而(ér)在(zài)凋(diāo)亡(wáng)實(shí)驗中,Lamin等也(yě)可能不適合作(zuò)為內(nèi)參。

5.文獻(xiàn)參考和實驗驗(yàn)證

文獻查(chá)閱:查閱(yuè)相關(guān)文獻(xiàn)了解(jiě)不同(tóng)內參(cān)蛋白在(zài)不(bù)同實驗(yàn)條(tiáo)件(jiàn)下的(dí)表現(xiàn),以獲(huò)取(qǔ)有(yǒu)價值的(dí)參考(kǎo)信(xìn)息。

WB實(shí)驗(yàn)之(zhī)內(nèi)參蛋(dàn)白的(dí)選擇

二(èr),選擇內(nèi)參(cān)的(dí)注意事項

選擇內參(cān)的(dí)注(zhù)意(yì)事(shì)項主(zhǔ)要包括考(kǎo)慮(lǜ)目的蛋白分子量,種(zhǒng)屬(shǔ)特異(yì)性,蛋(dàn)白表達(dá)位置,試(shì)驗處(chǔ)理(lǐ)條件(jiàn)對內參表達(dá)的影響,以及確保內參蛋白(bái)的穩定性。

‌1. 目(mù)的蛋白(bái)分(fēn)子量‌

選擇內參(cān)抗體(tǐ)時,應(yīng)考慮目(mù)的蛋白分子量(liáng)的(dí)大小,通(tōng)常(cháng)應保(bǎo)證(zhèng)目(mù)的蛋白與(yǔ)內(nèi)參(cān)蛋白(bái)分子(zǐ)量相差5KDa以上。例如(rú),如(rú)果目(mù)的蛋(dàn)白分(fēn)子量(liáng)為45KDa,則不宜(yí)選(xuǎn)擇分子(zǐ)量為(wéi)42KDaβ-actin作(zuò)為內參(cān),而(ér)可以(yǐ)考(kǎo)慮選擇分(fēn)子量(liáng)為36KDa的(dí)GAPDH作(zuò)為內(nèi)參(cān)

種屬特異(yì)性(xìng):不(bù)同(tóng)種屬的樣本內參蛋白(bái)不同。例(lì)如(rú),哺乳動物(wù)的組織(zhī)或(huò)細胞(bāo)樣本通(tōng)常選擇β-actinβ-tubulinGAPDH等(děng),而植(zhí)物來源的(dí)實驗樣(yàng)本則(zé)可能(néng)選擇(zé)Plant actinRubisco

‌2. 蛋白(bái)表達位置‌

內參的選擇還(huán)需(xū)考慮蛋白的(dí)表(biǎo)達部位。不同的表(biǎo)達(dá)部位可(kě)能需要(yào)不(bù)同的內參蛋白。例(lì)如,細(xì)胞骨架相關的研究不(bù)宜選(xuǎn)擇(zé)β-actin作(zuò)為內參,因為(wéi)β-actin是(shì)細(xì)胞(bāo)的一種(zhǒng)重要(yào)骨架(jià)蛋(dàn)白,其表達量(liáng)非常(cháng)豐富,但(dàn)在(zài)某些特(tè)殊情況(kuàng)下,如脂肪組(zǔ)織中(zhōng),β-actin的表達量很(hěn)少,此時β-actin就(jiù)不(bù)再(zài)適用(yòng)

‌3. 試驗處理條(tiáo)件(jiàn)

試(shì)驗(yàn)處理(lǐ)條件(jiàn)對內參表達(dá)的(dí)影(yǐng)響也是一個重要(yào)的(dí)考(kǎo)慮因(yīn)素。例如,GAPDH是糖(táng)酵解(jiě)過(guò)程中的酶,關於(yú)糖代(dài)謝(xiè)的(dí)研究(如糖(táng)尿病(bìng)模型)中不宜選(xuǎn)擇(zé)GAPDH作(zuò)為內參,因為(wéi)某(mǒu)些細胞中(zhōng)缺氧(yǎng)也會(huì)影(yǐng)響GAPDH的表(biǎo)達(dá)。此(cǐ)外(wài),腫(zhǒng)瘤組(zǔ)織(zhī)中(zhōng)的(dí)GAPDH相對(duì)於(yú)正常組織是高表(biǎo)達的,有(yǒu)文(wén)獻(xiàn)報道GAPDH可以作為腫(zhǒng)瘤標(biāo)誌物(wù),因此(cǐ)在(zài)比(bǐ)較腫(zhǒng)瘤組(zǔ)織與(yǔ)正常組(zǔ)織(zhī)時(shí),也不(bù)宜選擇GAPDH作(zuò)為(wéi)內(nèi)參

‌4. 內(nèi)參(cān)蛋(dàn)白的穩定性‌

內參蛋白(bái)的(dí)穩定(dìng)性(xìng)是選擇(zé)內參的關鍵因(yīn)素之一。內(nèi)參(cān)蛋(dàn)白應能(néng)在(zài)不同的實驗(yàn)條件下保持(chí)相對穩定(dìng)的表(biǎo)達(dá)水(shuǐ)平,以確保實驗結果的準(zhǔn)確(què)性。內(nèi)參(cān)蛋白的(dí)穩定性可以通(tōng)過(guò)實驗前的樣品前處(chǔ)理(lǐ)來保證,但(dàn)在(zài)某些(xiē)特(tè)殊條(tiáo)件下,內(nèi)參蛋白的(dí)表(biǎo)達(dá)也可(kě)能發生變化

三,常(cháng)用內參(cān)

WB實驗之(zhī)內參蛋白的選擇(zé)

WB實(shí)驗之內參蛋白(bái)的(dí)選擇



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